長崎市内にある興善町や万才町といった近世遺跡からの出土品を展示している資料館です。国産の遺物、舶来の遺物、長崎の陶磁、備前陶磁など172点が並びます。資料館として使用している建物は明治中期に建築された住宅である東山手洋風住宅群のうちの1棟で、市指定有形文化財となっています。住宅遺構が群として残存していることは全国的に類がないといわれています。