【古写真資料館】市指定有形文化財である東山手洋風住宅群7棟のうち3棟が古写真資料館となっています。館内では幕末から明治期ごろの長崎の外国人居留地と市街地の写真がずらりと並び、写真解説のパネルやカメラの原理を体感できる機材も展示されています。
【埋蔵資料館】長崎市内にある興善町や万才町といった近世遺跡からの出土品を展示している資料館です。国産の遺物、舶来の遺物、長崎の陶磁、備前陶磁など172点が並びます。