崇福寺・福済寺とともに長崎黄檗宗を代表する寺で、国宝や重要文化財を多く収蔵しています。日本の黄檗宗の開祖は隠元禅師で1654年（承応3年）に来日、興福寺の住持を務めていました。インゲン豆、レンコン、明朝体文字、ダイニングテーブル発祥の地でもあります。境内にはソテツの大木があり、その実がオレンジのハート型であることから恋愛成就のお守りとしても人気があります。