日本のキリシタンに関する歴史を伝える資料館。キリシタン禁止令によって、6人の宣教師と20人の日本人信徒が1597年（慶長2年）に殉教した地・西坂の丘にあります。館内にはキリシタン時代からの歴史や、その歴史を伝えるために制作されたものが展示され、聖フランシスコザビエルの書簡など、貴重な資料を見ることができます。資料館の裏には26人の等身大のブロンズ像「二十六聖人」が建てられているほか、殉教地の小高い丘は西坂公園として整備され、1950年（昭和25年）にはローマ教皇によってカトリック教徒の公式巡礼地に定められました。