第一次世界大戦で初めて実戦投入された航空機は、急速に進歩を続け、艦艇や都市に対して脅威となりました。佐世保鎮守府でも大正13年（1924）に空襲を想定した演習を行っています。昭和10年代に入ると、高射砲台の建設が本格化し、昭和17年（1942）には鎮守府庁舎下に防空指揮所が完成しました。
地下2階、総面積700㎡の規模があり、軍港周辺の見張所からの情報を統括し、高射砲台の砲戦指揮を行いました。昭和20年6月の佐世保空襲の際に鎮守府庁舎は全焼しましたが、防空指揮所は被害を免れました。戦後に不審火により内装は焼失したものの、堅牢に造られた地下壕本体は健在です。
一般の立ち入りはできませんが、「海軍さんの散歩道」ツアーに参加することで、地下壕を見学いただけます。