旧長崎県庁第三別館は、もともと長崎警察署として建てられた庁舎。明治7年、前身の長崎警察局が本大工町（現在の魚の町）に設けられ、翌年には外浦町に移転します。明治9年に長崎警察局が長崎警察署となり、明治11年には東濱町に長崎警察本署を置いて移転します。大正12年になると、外浦町に新庁舎を建てて移転。昭和23年には長崎市警察署に改称します。そして昭和29年から現在の体制である長崎警察署となります。