明治7年、明治政府の新しい宗教政策によって長崎にも中教院（宗教者への指導機関）が設置されます。しかし仏教側の協力が得られず、明治12年に各宗連合の中教院を晧台寺内に設置。そして宗教政策の混乱から教導職が廃止され、神道系の教団が独立し、諏訪神社の皇太神宮は移転とともに神宮長崎教会所となります。その後も移転と改称を重ね、昭和28年に原爆による火災の影響で酒屋町に移転し、長崎大神宮となり現在に至ります。