長崎開港後、イエズス会は旧県庁の場所にサン・パウロ教会を、フランシスコ会は現在の市役所別館の場所にサン・フランシスコ教会を建て、そして慶長14年に、ドミンゴ会は現在の桜町小学校の場所にサント・ドミンゴ教会を建てます。この土地は第二代長崎代官の村山等安の所有地で、熱心なキリシタンであった等安がドミンゴ会に寄進したといわれています。しかし慶長19年の禁教令によって、わずか5年で教会は破却されました。