光雲寺は正保3年、曹洞宗の僧・松雲宗融と晧臺寺の一庭が長崎奉行の馬場三郎左衛門に願いを出して開かれました。開基（お寺を開いた人）は一庭、二代目住職を宗融として始まりましたが、光雲寺はもともと長崎村本河内郷字昌源（現在の蛍茶屋付近）にあり、キリシタン弾圧で衰退していたところ、宗融が出来大工町に移して一庭と協力して開いたともいわれています。現在、蛍茶屋電停横に光雲寺の墓地があるのはこういった経緯です。