1739年（元文4年）創建。当時は円通庵と呼ばれていました。俊寛を弔うために1755年（宝暦5年）に創建された長福寺が無住となり円通庵が吸収し、1880年（明治13年）円通寺に昇格しました。現在の建物は1969年（昭和44年）に改築されたものです。円通寺には長福寺から引き継いだ俊寛僧都にまつわる版画や像が宝蔵されています。