本尊仏は薬師如来仏。
建久6年（1195年）、藤内左衛門主馬なる人が守護してきた薬師如来と侍神日光・月光以下十二神を祀った。元禄12年（1699年）おみくじで現在地に奉遷。敷地・堂宇等は村年寄、西作之丞が他領まで広く観請して造営、お厨子は福江藩臣、貞方氏が寄進、御仏餉料は有川氏が既に寄進しており、霊験あらたかで歴代藩公の崇敬も厚く、しばしば参詣もした。
元来秘仏でおみくじによって開帳されていたが、慣例で33年目毎に開帳されている。この御堂、はじめは藤ヶ岳の山麓俗称「トーノシロ」にあったらしく、この地には室町前期以降の五輪塔や宝篋印塔が現存しており、現薬師堂境内の古い塔石はここから移されたもののようである。

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