明治維新までは付近の地区名である魚目村総社と呼ばれ中心的な神社であったと考えられる。
祭神は伊邪奈岐大神、倉稲魂命、誉田別尊、事代主大神。明治維新までは魚目村総社と呼ばれていた。創建年代は未詳。沖の祖母君瀬に天降した伊邪那岐、伊邪那美の二神の神託を受けて、伊邪那美を祀った祖母君神社（有川）と縁起が同じ。
文明五年（1473年）五島領主宇久氏が地方鎮護の神として伊邪那岐神を奉鎮し、社領と寄進して旧魚目村十二ヶ郷の総社と決め、名前を魚目村総社としたと伝わっている。秋の例大祭時期には上五島神楽が舞われる。

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