17世紀から19世紀にかけての棟札が保存されており、当時の資料として大変貴重である。
鎌倉時代初期の承元3年（1209）に、小値賀と中通島二島の地頭職、つまり現地の代官として赴任した藤原道高とその弟家高が、この奈摩の地に社殿を造営して藤原氏の祖神である「天津児屋根命（あまつこやねのみこと）」を鎮守神として祭りました。創建時は「比古宮（ひこのみや）」と名付けられ、その後「正彦宮」「政彦神社」へと名称が変わっています。「天津児屋根命」は善言美詞の神、言霊の神、政治（まつりごと）の神、学問の神、学芸の神として信仰を集めています。境内には八坂神社、琴平神社、稲荷神社があります。
貞享2年（1685）代から嘉永7年（1854）代までの棟札が8枚あり、町の有形文化財に指定されており、これらは藩主の武運長久や治安維持のためのもの、造営遷宮した時の棟上げのもの、悪疫流行時の祈願奏上のもので、当時かかわった方の役職名前が記載されています。東郷平八郎が入港したときに書かれたと伝えられている揮毫（きごう）も残されています。正彦神社棟札は、正彦神社の歴史資料として貴重なものです。平成11年（2010）に、御鎮座800年祭が行われました。

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