海の守りにあたった人たちの神様で、境内の海を面する方向に竹で組まれた鳥居がある。
祭神は土城別王、倉稲玉神。主祭神の十城別王は日本武尊（やまとたけるのみこと）の第六子にあたるとされ、この御祭神を祀る総本宮は平戸市に鎮座する「志々伎神社」であり、その分霊は「海神」、「航海安全の神」として、主に西海沿岸各地に分祀され鎮座している。
創建は天正3年（1575年）とされ、寛文9年（1669年）には神仏習合の影響で、御神体として大日如来、観世音菩薩を祀ったが、明治の神仏合祀禁止令に伴い、新たに御神体をあつらえ奉斎し、「太田神社」とした。しかし神社名に集落名を使用することは畏れ多いと、昭和30年に「志自岐羽黒神社」として現在地に社殿を新築した。「航海安全の神」として太田港に隣接し、集落の船舶や沖を通る船の安全を見守っている。

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画像 （C）新上五島町観光物産協会