宗派は真言宗高野山派（本山高野山金剛峯寺）、本尊は弘法大師（木像座像）。
有川郷在家出身である秀明和尚が修行を積み、小値賀の大楽寺で住職をしていた。昭和27年（1952年）、阿瀬津の信者から現在の敷地の寄進を受け、翌28年（1953年）に堂宇を建立。昭和30年（1955年）に、高野山直轄の寺として、新高野山神通寺の称号が認められ、秀明和尚が同寺の開山第一世となる。

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