明治中期、平戸口には黒島、五島・外海・平戸などから信徒が移住してきた。当初は田平教会の保育園が建てられ、その建物を仮聖堂して利用していた。田平教会の初代主任司祭・中田藤吉神父が、社会福祉のために建てた平戸口社会館の2階を1947（昭和22）年隠居所としたとき、近隣の信徒のために仮聖堂とした。そして、この地区に住んでいたコロンバン会のグリニー神父によって現在の聖堂が建立され、1960（昭和35）年に田平教会より独立した。