島の周囲は火山岩の柱状節理が見られ、約10mの断崖をなし素晴らしい眺めである。原生林の様相を呈しているが、中でも300本ばかりのビロウ群落は価値が高い。上阿値賀島には天然記念物のカラスバトやミサゴ、アマツバメ等も繁殖し、またオオミズナギドリが1000羽以上繁殖するなど野鳥の楽園となっている。島の豊かな自然は貴重な財産であり、国指定天然記念物及び、西海国立公園の特別保護地区に指定されている。