1962年に平戸の高校の体育館を移築して教会の御御堂（おみどう）にしてできた教会。殉教者の血を受け継いだ信仰は篤く、信徒は明治中期に五島や黒島（佐世保市）から移住してきました。

中には永井博士の絶筆「十字架の道行き」が公開されています。和紙に描かれたこの「十字架の道行き」は博士が亡くなる数カ月前に病床で描かれ博士の死後、長崎の浦上教会に寄進されていたものを木ケ津教会が譲り受けました。