山野集落の先祖は禁教時代、西彼杵や外海から五島へ迫害を逃れて来たものの、五島に住めず文政年間に平戸島のこの地に住み着いた人々である。ラゲ神父と信徒によって1887（明治20）年に最初の教会が建設され、1924（大正13）年に現聖堂が建立された。棟梁が黒崎教会の建設にも携わっていたため、聖堂のなかは黒崎教会と似ているという。1979（昭和54）年に前面が増築され、屋根の上に八角の尖塔が付け加えられた。そして2000（平成12）年にも改築され、外壁は板張りではなくなった。