資料館のある根獅子地区は、キリシタン禁教以来殉教の地となったが、追及の手を逃れるため、信者達は表面上、仏教徒となり隠れてキリスト教の信仰を続けた。1873年（明治6）禁教令が解かれたが、納戸神（潜伏切支丹）の信仰を続けていた。しかし、近年世代交代とともに信仰が薄れつつあり、祭具などの散逸が危惧されるため、1982年（昭和57）切支丹資料館を建設し、資料を収集展示し、保存に努めている。