1885年（明治18）京崎地区に最初の仮教会が設けられ、1898年（明治31）に現在の宝亀教会が建立された。宝亀教会は、建築学上多くの特徴をもつ聖堂で基礎は石造、外壁はレンガ造、屋根は単層切妻の瓦葺、窓形式は側面に尖頭アーチ四季の円型ハメ殺し窓、天井は身廊、側廊ともにコウモリ天井の板張りである。あまり大きな教会ではないが、平戸を代表する美しい教会であるといえる。